日本文化厅7月4日宣布，国宝、重要文化财产、绘画、雕刻、刀剑等美术工艺品1万524件中，109件找不到。其中刀剑占52件。国宝“短刀、铭国光”不见了。文化厅怀疑是被买卖了。

日本政府7月2日通过的宪法解释变更后，自卫队任务扩大具体的法的整备加速。加藤胜信官房副长官在记者会见上表示，30人做为国家安全保障局法案做成作业团队。国家安全保障局是国家安全保障会议（NSC）的事物局。关联法将超过10个以上。

日本文部科学省在STAP论文问题下，已经出台一个针对这种不正当的研究行为的改订案。由于网上对这个问题的评论不一，要求大学和研究机构作出适当调查。文部科学省要求组织的管理责任明确化，共同研究的代表者要对研究队伍进行适当监督。新手要在前辈的指导下进行研究。

日本官房长官菅房长官7月4日在记者会上表示，面向朝鲜绑架日本人的最初的再调查报告，日朝间将设置专用电话回线。日本政府在7月4日的阁僚会议上决定正式解除一部分独自的制裁。平成18年7月朝鲜弹道导弹发生后，这是首次分阶段解除制裁。日朝电话回线的设置是为了对今后朝鲜是否真正作出再次调查作出监视。